Wanneer een CIA-operatie wordt verstoord door een Russische rivaal - waarbij twee doden vallen - wordt Jason Bourne hiervan beschuldigd. Zelf leeft Bourne (Damon) in een afgelegen dorpje onder een andere naam samen met Marie (Potente). Bourne, die wraak heeft gezworen als iemand uit zijn 'vorige leven' contact met hem opneemt, wordt door de recente ontwikkelingen gedwongen zijn leven als sluipmoordenaar weer op te pakken...