Mutanten, ze zijn er altijd al geweest en hun oorsprong ligt veel verder in het verleden dan de eerste ontdekking in het begin van de zeventiger jaren toen Eric Lehnsherr/Magneto (Michael Fassbender) een aanslag pleegde op de Amerikaanse president, een aanval die mede door Raven/Mystique (Jennifer Lawrence) werd verijdeld. De hoofdrolspelers van die epische confrontatie zijn sindsdien spoorloos, maar andere mutanten hebben er een hoge prijs voor moeten betalen. Professor Charles Xavier (James McAvoy) heeft zich over een aantal van hen ontfermt en in zijn school leren zijn jonge studenten omgaan met de soms gecompliceerde gaven die ze van moeder natuur mee hebben gekregen. Maar al veel eerder, zelfs ver voor onze jaartelling, waren er al mutanten actief op aarde en vanuit die tijd wordt de wereld opgeschrikt door een mutant die het einde van de mensheid in zou kunnen luiden. In Caïro is de oppermachtige En Sabah Nur weer tot leven gewekt en zijn komst blijft zelfs bij Xavier niet onopgemerkt. En Sabah Nur zint op wraak tegen de mensen die hem ooit zijn leven af hebben genomen en hij gaat op zoek naar gelijkdenkenden die hem daar bij kunnen assisteren...