Fanny en Alexander zijn lid van de weelderige en kleurrijke familie Ekdahl in een Zweeds stadje begin vorige eeuw. Hun ouders, Oscar en Emilie, beheren beiden het lokale theater, en worden daarbij geholpen door Oscar's moeder en broer. Als Oscar op vroege leeftijd sterft, trouwt weduwe Emilie met een bisschop en verhuizen ze met de twee kinderen naar zijn strenge en sobere kanselarij. De kinderen voelen zich direct diep ongelukkig.